安装

mamba install -c bioconda ncbi-genome-download -y

参数

使用

mamba activate ncbi_genome_download

## 根据登录号下载
ncbi-genome-download  --assembly-accessions refseq.txt plant  --section refseq  --formats  fasta,gff  --progress-bar  --parallel 3   -o data1  --flat-output

## 根据物种名
ncbi-genome-download --genera "Pseudomonas reinekei" bacteria                 --section genbank  --formats  fasta,gff  --progress-bar  --parallel 3 -o genbank
ncbi-genome-download --genera "Pseudomonas reinekei" bacteria                 --section refseq  --formats  fasta,gff  --progress-bar  --parallel 3 -o refseq

## 根据属名
ncbi-genome-download --genera Pseudomonas bacteria

## 物种名或属名可以放txt中
ncbi-genome-download --genera ref.txt bacteria